Après l’ultime combat, les 4 héros que sont Gatchaman (Ken), Tekkaman (Jôji), Polimar (Takeshi) et Casshan (Tetsuya) sont chacun retournés vivre dans leur monde. Cependant, le destin les réunit à nouveau, et avec Emi, ils franchissent l’espace-temps pour se retrouver dans un monde où sévissent les ennemis de l’humanité, les Galactors. Gatchaman et la Science Ninja Team les combattent afin d’y restaurer la paix. Mais alors qu’ils sentent que quelque chose cloche dans ce monde, un homme apparaît devant eux. Il n’est autre que le fondateur de la Science Ninja Team, le docteur Nambu. Ce dernier voit Ken d’un œil suspect, alors qu’il est censé le reconnaître. Il adresse aux héros ces mots inattendus : « Je vois que vous êtes mes ennemis. » Joe le Condor, numéro 2 de la Science Ninja Team, qui a combattu des Galactors aux côtés de Ken regarde la scène du haut d’un immeuble. Un nouveau combat attend nos quatre héros.