Il voulait la protéger. C’était son désir le plus profond. 10 ans après "La Guerre du Saint Graal" qui vit s'affronter maîtres et leurs servants, une nouvelle guerre éclate aujourd’hui dans la ville de Fuyuki. Shirou Emiya, le fils adoptif de Kiritsu Emiya, déjà combattant durant l’ancienne guerre, décide de prendre part à ce nouvel affrontement afin de tenir sa promesse envers Kiritsugu. Aux côtés de Shirou se tient Sakura Matou, une jeune fille éprise de lui. Elle se rend chaque jour à son domicile pour lui préparer ses repas, apportant ainsi un peu de lumière dans sa vie. Mais depuis le début de "La Guerre du Saint Graal", l’air environnant est devenu bien plus pesant. Les meurtres se multiplient dans la ville de Fuyuki. Shirou décide de protéger Sakura. Aux côtés de Saber, la servante à laquelle il a fait appel, Shirou rejoint le camp du mage Rin Tohsaka et prend part à la guerre. Mais lorsque des forces obscures viennent se mêler à la bataille, la victoire semble leur échapper.